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Augusto, nel periodo successivo alla battaglia di Azio (31 a.C.), prepose alla difesa di Roma e dell’Italia una flotta a Misenum.
Era questa, per la maggiore vicinanza alla capitale, la flotta a diretto servizio della corte imperiale. Fra il regno di Domiziano e quello di Adriano, fu attribuito alla Classic Misensis l’appellativo di praetoria, titolo che la flotta mantenne fino al V sec. d.C., quando Misenum perse il suo cruciale ruolo strategico-
Il porto di Misenum era formato da due bacini naturali, affinità morfologica che ebbe il suo peso nel determinare la scelta di Agrippa. Il bacino interno, l’odierno “Maremorto” fungeva da cantiere navale, mentre quello esterno, la baia di Misero, costituiva il porto vero e proprio. Essi erano collegati da un canale, oggi interrato, attraversato da un ponte ligneo.
L’ingresso del porto era protetto da due moli su arcate, prolungamento dei baluardi naturali di Punta Terrone e Punta Pennata.
Nel porto si trovavano la nave ammiraglia, dotata di sei ordini di remi, e l’intera armata, composta di liburnae, trireme, quadriremi e quinqueremi.
Lungo le coste dei due bacini furono installate tutte le attrezzature necessarie alla vita di una base navale che doveva ospitare 6000 uomini. Di questo ben poco è rimasto: cisterne, rovine di ville, ruderi sparsi e il toponimo Miliscola, da Militum Schola, a designare la spiaggia che ospitava il centro di addestramento delle reclute.
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